Stacking und mehr mit PICOLAY

7. März 2021 – Stacking für Anfänger vom Anfänger

Stacking und und das Erstellen von 3D-Bildern gehen einfacher, als man glaubt. Horst als blutiger Anfänger auf diesem Gebiet hat live gezeigt, wie man mit der kostenlosen Software PICOLAY ein gestacktes Bild erhält – von der Installation der Software bis zum fertigen Bild in weniger als 10 Minuten:
… Vom Herunterladen und Installieren der Software → picolay.de
… über das Fotografieren von Einzelbilden am Mikroskop
… dann Stacken mittels Picolay
… mit noch ’ner kleinen Bildnachbearbeitung mit den Irfanview
… haben wir das fertigen Bild einer Radiolarie
… in nicht einmal 10 Minuten!
Das Ergebnis – ganz auf die Schnelle ausprobiert – überzeugt. Und mit drei Klicks mehr hat man auch noch eine 3D-Darstellung gemacht.
Jetzt sind die erfahrenen Mikroskopiker gefragt, die bestimmt viele Tipps und Tricks dazu geben können

21. März 2021 – Eine Einführung in PICOLAY vom Autor der Software

Heribert Cypionka stellte uns beim Tübinger Mikroskopischen Stammtisch seine selbst entwickelte Stacking-Software PICOLAY vor. Wir erfahren, wie das Programm entstanden ist und welche Möglichkeiten es inzwischen durch seine zahlreichen Parameter-Einstellungen bietet. 3D-Bilder zu erstellen ist fast ein Kinderspiel, Bildbearbeitung aller Art ist selbstverständlich.
Die PICOLAY-Homepage www.picolay.de ist ein Muss: Downloads von Programm und Dokumentationen, Hilfestellungen zum Programm, Workshops, FAQs, Gallerien und interessante Links lassen einen nicht im Regen stehen. Das Stöbern auf der Homepage ist schon ein Erlebnis! Einige Auszüge aus der Homepage in der nachfolgenden Bildergallerie.
Wir danken Heribert Cypionka für den Vortrag und bekommen bestimmt noch in weiteren Stammtischen so manche Tipps zum Programm.

28. März 2021 – 3D-Darstellungen mit PICOLAY, Bilder von Eberhard Raap und Demos von Heribert Cypionka

Eberhard Raap zeigte eindrucksvolle 3D-Bilder in der Rot-Cyan-Darstellung, für die eine entsprechende Brille zur Betrachtung erforderlich ist.

Heribert Cypionka gab Tipps, wie man bei durchsichtigen und halbdurchsichtigen Objekten das Ergebnis verbessern kann:

Insbesondere bei halbdurchsichtigen Objekten gibt es Strukturen in tieferen Ebenen, die im Kontrast bzw. in der Schärfe schwach sind, da sie durch davorliegende Ebenen etwas abgedeckt sind. Mit der Einstellung „Hologramm stacking“ und dessen Parametern „Filter radius“ und „Minimum contrast“ kann man bestimmen, wie solche Strukturen hervorgehoben werden können. Sonst würden diese beim Stacken, das ja normalerweise die schärfsten Konturen beibehält, unter den Tisch fallen. Siehe Beispiel Diatomee.

Bei durchsichtigen Objekten will man dagegen oftmals dahinterliegende sichtbaren Kanten ausblenden bzw. abschwächen können. Solche Kanten stören oftmals den dreidimensionalen Eindruck, da sie sich visuell in den Vordergrund „mogeln“. Eine Gewichtung von Vorder- und Hintergrund kann mit der Einstellung „Prefer high / low frames“ erzielt werden. Siehe die Beispiele mit der Diatommee und den Pilzsporen.

Mit der Einstellung „3D rotation parameters“ kann z. B. eine Ansicht der Objekt-Unterseite erzielt werden, wenn man z. B. eine Drehung von 180° um die Y-Achse angibt. Dabei ist es wichtig, mit den oben angegebenen Einstellungen „zu spielen“, da gerade sie die Hervorhebung der Unterseite beeinflussen.

Rudolf Lukes zeigt ein schönes Beispiel einer Pflanzensprosse ohne und mit Rot-Cyan-3D-Effekt. Der visuelle Unterschied ist frappierend.

Übung macht auch hier den Meister, denn die optimalen Einstellungen hängen vom aufgenommenen Objekt ab.

Manche Mikroskop-Kameras liefern Stacking- und Stiching-Software mit. Damit kann direkt das Stacking bzw. Sitching in Real-time durchgeführt werden. Z. B. die Taxon-Kamera mit ihrer Software, die Alfons Renz gleich live vorführen konnte (letztes Bild). Das kostet halt!

4. April 2021 – Aus einem Einzelbild eine 3D-Darstellung erzeugen mittels Tiefenkarte

Aus der Trickkiste von Heribert Cypionka: Eigentlich unmöglich, aus einem Einzelbild eine 3D-Darstellung zu generieren. Aber selbst das kann man mit PICOLAY hervorzaubern. Und zwar dann, wenn die Helligkeitsabstufungen eines Bildes mit den jeweiligen Bildtiefen ungefähr übereinstimmen. Also üblicherweise wenn die oben liegende Ebenen hell, die tieferen Ebenen zunehmend dunkler sind. Ist dies nicht der Fall, kann das Verfahren natürlich nicht erfolgreich sein (es sei denn, die Bildfarben stehen in Zusammenhang mit den Bildtiefen, dann wäre das wiederum möglich). Man übernimmt also das Einzelbild als Tiefenkarte in PICOLAY und kann damit alle möglichen 3D-Darstellungen erzeugen. Gleich mal ausprobieren! Erfahrungen bitte bei den nächsten Stammtischen vorführen!
Das Verfahren wird auf der PICOLAY-Homepage näher beschrieben → SEM3D-tutorial.pdf (Abschnitt B).

Als Dreingabe noch ein 3D-Bild von Steptokokken und ein gestacktes Bild eines Coronavirus – oder ist es doch das Klettenlabkraut?

11. April 2021 – Darstellung von 3D-Bildern mit dem „Rohrschach-Verfahren“ mit Einfachspiegel

3D-Darstellungen kommen schnell mal an ihre Grenzen: Die Anaglyphenbrille kann 3D-Farbbilder zwar bequem im 3D-Effekt, nicht aber farblich schön erscheinen lassen. Doppelbilder für den Kreuzblick sind billiant, aber anstrengend für die Augen. Bilder für den Parallelblick sind in der Größe beschränkt.
Rudolf Lukes bringt das Verfahrens nach Rohrschach mit einem Spiegel ins Spiel. Bequem für die Augen, farbgetreu. Interessant für Vorführungen (Vereine), da die Installation leicht aufzubauen ist und „im Vorbeigehen“ betrachtet werden kann. Na ja, ein bisschen muss man schon probieren, bis man den Blick drauf hat.

Heribert Cypionka gibt Tipps zu neuen Einstellungsmöglichkeiten in PICOLAY.
Außerdem wie man 3D-Bilder für die Spiegelmethode mit PICOLAY auf einfache Weise erzeugen kann, und zwar so:

Bild (1): Gestacktes Bild erzeugen,

Bild (2): Im Fenster „Depth map“ -> „3D view“ anklicken.

Bild (3): In den „3D display“-Einstellungen die 3D-Methode „[R]+[L]“ auswählen und „Go“.

Bild (4): Oben links die Datei mit positiven y-Wert anklicken (z. B. py_…_y1.5_z0 …), dann im Fenster links unten „Enhance“ wählen, um das Bild horizontal zu spiegeln.

Bild (5): Im Einstellungsfenster „Image enhancement“ die Checkbox „Flip“ anhaken und „horizontal“ wählen. Dann „Apply“.

Bild (6): Um beide Bilder zu einem aneinanderzusetzen, unter „Stack operations“ -> „Mount 2 images side by side“ auswählen.